Callen, Sam og Kensi leter etter en trygg rute ut av Mexico, samtidig som de må ta seg av en bevisstløs Deeks. I tillegg har lederen av et narkotikakartell utlovet en skuddpremie for dem.
Prototypen av en spesialdrakt blir stjålet fra en marinebase og brukt i et smykketyveri. Teamet må finne ut hvem som står bak, og hva som er tyvenes neste mål.
Etter at stedfortrederen hans blir drept, får Callen og Sam i oppdrag å beskytte Prins Kamal når han ankommer Los Angels.
Medlemmer av NCIS er i fare etter at bilder og navn blir oppdaget på et kartells hitliste. Mosley blir avhørt om oppdraget i Mexico.
En informant som hjelper teamet med et hemmelig oppdrag blir arrestert. Callen møter ATF-agenten Anne Kolcheck, som fortsatt ikke har lov til å jobbe med NCIS-teamet etter forrige gang de samarbeidet.
Teamet blir kalt inn når Mosley blir en mistenkt for drapet på en kartell hitman, og de må spore henne opp før hun går over grensen.
Teamet samarbeider med Utenriksdepartementet når drapet på en våpenhandler blir knyttet til en rekke forbrytelser, som ser ut til å være utført av noen med elitestyrke trening.
Visedirektør Ochoa sender NCIS-teamet for å bistå med en skjult operasjon knyttet til en terroristgruppe som er talsmenn for en ekstrem militærstyrke.
NCIS-teamet etterforsker ranet av marinekaptein Dean Hadlow, hvor ranerne fikk med seg penger, smykker og høyt klassifisert informasjon.
Teamet etterforsker et korrupt konsulentfirma, etter at det skjer et forseggjort bankran hvor en enkelt bankboks som tilhører selskapet ble stjålet.
Teamet leter etter en marine-reservist som lider av PTSD, og som forsvinner etter en beruset og kaotisk krangel.
Teamet etterforsker en mulig terrortrussel etter at logistikksjefen for en marinevåpenstasjon kollapser på jobben. Deeks og Kensi leter etter steder hvor de kan dra på bryllupsreise.
Teamet jobber med den globale straffedomstolen etter et brutalt angrepet på en syrisk person. Personen skulle levere bevis som viser at kjemiske våpen ble brukt på sivile.
Teamet samarbeider med FBI for å finne en terroristcelle i Los Angeles, som antas å forberede seg for et nært forestående angrep.
Innenfor den amerikanske marinens etterforskningsorgan, NCIS, finnes det en spesialavdeling hvor man pågriper farlige forbrytere som utgjør en trussel for landets sikkerhet.
Innenfor den amerikanske marinens etterforskningsorgan, NCIS, finnes det en spesialavdeling hvor man pågriper farlige forbrytere som utgjør en trussel for landets sikkerhet.