Jane unnslipper CIAs varetekt, men blir gjenerobret av FBI-teamet som overtaler henne til å bli en trippel-agent i sin gamle organisasjon, for å forsyne dem med hemmelig informasjon.
En korrupt DEA- agent forsøkerr å selge raketter til et narkotikakartell, og teamets oppgave blir å stanse planen.
Teamet må stoppe en rekke bomber i New Yorks i et kappløp mot klokken, mens Jane må gå på et attentat oppdrag.
Teamet jakter på en snikmorder på en museum-galla som har en mørk hemmelighet. Samtidig begynner Jane å se den myke siden av den gamle organisasjonen hennes.
Weller og hans medarbeidere i FBI samarbeider med den føderale politibetjenten Allie Knight, for å stoppe en mafialeder etter at en politiker er blitt myrdet.
Reades tilstedeværelse på et åsted ser mistenkelig ut, men han nekter all skyld. Samtidig blir Jane med Roman på et oppdrag for å stjele en microchip for Sandstorm, mens Weller og Naz drar til Bulgaria på jakt etter Douglas Winter.
Jane drømmer at hun kjemper mot en langhåret versjon av seg selv, som er umulig å slå. FBIs datasystemer blir hacket av en gammel kjenning av teamet, og nå vil han ha beskyttelse fra FBI mot leiemorderen Arcadian.
Jane og Weller forsvinner under et undercover-oppgrag, og AUSA Weitz kommer til New York for å etterforske saken. Sammen med resten av Wellers team må han avdekke det sprikende vitnemålet til to kriminelle for å finne ut hva som skjedde.
Da Jane oppdager at terroristorganisasjonen Sandstorm holder på å gjøre seg klar til angrep, risikerer hun alt på å sende et hemmelig nødanrop til FBI-teamet.
Patterson er savnet, mens Roman har hukommelsestap og er på rømmen. Jane og Weller må finne dem før terroristlederen Sheperd gjør det.
En av verdens mest ettersøkte terrorister blir observert i New York og teamet må samarbeide med CIA for å forhindre en terroraksjon i byen.
Når en uvanlig tatovering dukker opp og ledes tilbake til Roman må teamet trå varsomt. Enten må de sende Roman ut i feltet eller søke kontakt inn mot en farlig MC-gjeng.
Teamet gjør et stort gjennombrudd i Sandstorm-saken da de oppdager Shepherds sanne identitet, som inkluderer en tiår gammel forbindelse.
Da en tatovering peker mot et mektig hemmelig studentersamfunn, trenger teamet hjelp av en tidligere student, Rich Dotcom, til å infiltrere det.
Noen spesielle tatoveringer fører til opptil flere ledetråder, og teamet må dermed dele seg opp for å jakte på en livsfarlig kurér. Weller og Roman må nå jobbe sammen, og det samme må Jane og Zapata, samt Patterson og Reade.
Weller og Jane skal endelig komme ansikt til ansikt med Nas kilde innen Sandstorm, og dermed få skværet opp med en gammel fiende.
Jane og hennes nye flamme Oliver befinner seg i en farlig situasjon som avslører deres hemmeligheter. Siden det nå blir usikkert om de kan stole på hverandre, må paret holde seg i live mens Weller og teamet kjemper for å redde dem.
Teamet sliter med å forsvare seg selv da de blir etterforsket av en gammel rival, mens tatoveringene fører teamet til en mystisk død i et fosterhjem.
Jane og Weller går under dekke i en jakt, full av risiko, drevet av hackere. Samtidig må Shepherd anskaffe et farlig våpen i Thailand.
Zapatas overtredelser fører til at hun blir sendt til fengsel, sammen med en potensiell Sandstorm ressurs, Devon. Samtidig forsøker Weller og teamet for å hjelpe Zapata med å rømme.
Teamet får et gjennombrudd når de endelig klarer å knekke et Sandstorm-medlem.
Mens FBI sørger over en tragedie, befinner Weller seg i sentrum av en overraskende hendelse. Samtidig er Janes framtid usikker.