Etter en eksplosjon under en tilstelling i D.C. får Parson en ny rolle i NCIS-teamet, mens Gibbs mangler tre agenter.
Gibbs og teamet leter etter en terrorist, mens Tony reiser til Israel for å finne Ziva.
NCIS-teamet bruker Twitter til å løse en sak, mens McGee irriterer seg over å ha mistet politiskiltet sitt.
Mordet på en kvinne som utgir seg for å være en syk soldat fører Gibbs til et afghansk kvinnesenter.
DiNizzo etterforskning av en 15 år gammel sak tar han med tilbake til sin tid som politietterforsker i Baltimore.
NCIS og CGIS drar ut på sjøen for å etterforske en mystisk eksplosjon på en oljeplattform.
Gibbs må ta seg av familieproblem med sin far, mens Tony og McGee krangler om hvem som bør ta ledelsen i saken de etterforsker.
NCIS-teamet må gjenåpne en mordsak når en advokat, som tidligere var FBI-agent, forteller Gibbs at hennes klients konfidensielle alibi er solid.
Når det blir oppdaget at militærsekretæren ble avlyttet under et konfidensielt møte må NCIS-teamet finne ut hvem som er ansvarlig.
Teamet oppdager en link mellom et mordoffer og kjæresten til Gibbs ekskone, noe som naturligvis skaper konflikter.
Etter en mystisk skydom rammer barn fra ulike militærfamilier må Gibbs og teamet etterforske saken. Vance sliter med å tilgi sin svigerfar som kommer på overraskelsesbesøk.
En stjålet drone blir koblet til terroristen Parsa og NCIS-teamet må samarbeide med Forsvarsdepartementet for å løse saken. Der jobber blant annet Gibbs ekskjæreste.
I et forsøk på å finne terroristen Parsa sporer Gibbs og teamet opp en av hans kohorter.
Mordet på en grensevakt avslører Parsas oppholdssted og teamet fortsetter jakten. Samtidig avslører Bishop at hun har en fortid med terroristen.
Teamet etterforsker en sak hvor de finner skuddsikre vester som tilhører militæret. Etterforskningen tar en ny retning når det viser seg at vestene er defekte.
Etter han møter sin far konfronterer DiNozzo en mann utkledd som en militæroffiser. Mannen flykter og blir til slutt skutt og drept av DiNozzo. Det eneste vitnet er faren hans.
Teamet undersøker et mulig mord på en rockestjerne fra 80-tallet etter en bombe eksploderer.
Etter en tidligere NCIS agent og nåværende medlem av Kongressen blir funnet drept i New Orleans starter en treveis etterforskning av Gibbs, Fornell og Louisiana NCIS Special agent Dwayne King Pride.
Teamet jakter en seriemorder som går løs i New Orleans.
Når Delilah mottar en kryptert epost vedrørende mordet på en Navy-løytnant, får hun beskjed om å ignorere den. Isteden går hun til Gibbs med informasjonen, og NCIS etterforsker saken. Det viser seg at en CIA-agent kidnappet og dopet ned løytnanten.
En marineoffisers voldtekt kommer frem i lyset når en kollega ved et uhell blir myrdet i en bar. Det viser seg at hennes overordnede er ansvarlig for voldtekten av henne, samt flere andre hittil uante tilfeller.
Når en marinefotograf forsvinner før han skal vitne under en krigsrettshøring, må NCIS etterforske både mordet han var vitne til, samt saken han arbeidet på om hjemløse krigsveteraner i D.C.
Direktør Vance gir DiNozzo spesialoppgaven å bringe admiralens datter tilbake fra Paris. Han trenger imidlertid bistand fra NCIS når han havner på et kontroversielt åsted.
NCIS etterforsker om en brann på et militært fartøy, som fungerte som forvaringsanstalt for tiltalte terrorister, var tilfeldig eller ett fluktforsøk. Gibbs reiser til hjembyen når faren går bort.