Hetty har gått av med pensjon og forsvunnet, og Shay Mosely kommer inn og tar over styringen. Sam sørger fremdeles over tapet av kona, og ber Callen finne en annen partner.
NCIS-teamet samarbeider med noen fra etterretningstjenesten for å prøve å stoppe smuglingen av falsk valuta fra Peru.
Under etterforskningen på drapet på en løytnant, finner NCIS-teamet hemmeligstemplet informasjon som hun smuglet inn i byen og som kanskje ble solgt til utlandet.
Når våpen til en markedsverdi på en million dollar blir stjålet, finner teamet et spor som leder dem til en veldedighetstilstelning. Mosley kommer seg inn på gjestelisten, og tar med Callen og Sam.
Sam jobber undercover som aksjespekulant etter at en bankmann med tilknytning til Russland blir drept.
LAPD-etterforsker Whiting ber Deeks om en tjeneste når hans tidligere partner avviker fra protokoll.
Kensi blir utplassert på et anlegg for utskytning av missiler for å hindre at de kjernefysiske våpnene havner i feil hender.
Teamet jakter på overfallsmenn som tok seg over landegrensen ulovlig og angrep grensepolitiet og illegale innvandrere. Nells eldre søster kommer for å bistå i saken.
Callen og teamet stiller spørsmål ved Joelles historie etter at hun rømte fra fangenskap og ber Callen om hjelp.
Teamet jakter på en leiemorder som har utpekt en brasiliansk diplomat som neste offer, for å ta hevn for farens død.
Teamet etterforsker et virusangrep med krav om løsepenger, som har gjort hele vestsiden av Los Angeles strømløs.
Når det oppdages napalm på et åsted, må teamet undersøke om offeret hadde tilknytning til et terrornettverk.
Hetty blir torturert i fangenskap i Vietnam. Eric og Nell får anelser om hvor hun kan befinne seg og sender teamet ut på redningstokt, men på grunnlag av veldig lite informasjon.
NCIS-teamet blir med Hettys gamle venner fra Vietnamkrigen på et hemmelig oppdrag for å redde henne fra dem som holder henne fanget.
Callen og Sam får hjelp fra Grangers datter, den tidligere spionen Jennifer Kim, for å prøve å spore opp en spion med tilgang til masse bombemateriell.
Callen gjør alt som står i hans makt da faren hans blir arrestert i forbindelse med en planlagt fangeutvekslingsaksjon i Iran.
Mens de undersøker en savnet person sak, avslører teamet en drapsmann som lager show for høyt betalende kunder. Mosley og Callen blir partnere på et felles ATF-oppdrag for å pågripe noen fra hennes fortid.
Callen og Sam samarbeider med myndighetene etter at en beryktet våpenhandler har returnert til USA.
Sam og Hidoko må begynne å spane da et kryptovalutalager blir ranet for over ti millioner dollar i Bitcoin-koder.
Callen, Sam og Neal drar til Angeles-skogen for å finne topphemmelig, statseid utstyr blant rester etter en mislykket rakettoppskyting.
Teamet og FBI forener krefter under etterforskningen av dødsfallet til en marinesoldat.
NCIS undersøker drapet på en innsatt som var datter av en berømt forfalsker. Callen må møte internetterforskningen og fortelle om Annas rolle i en tidligere sak.
Sam blir skutt under en konfrontasjon med et kartell, og det dukker opp informasjon om hvor Spencer Williams befinner seg.