Teamet etterforsker en mordsak som knyttes til militæret. Saken blir personlig for Pride når offeret identifiseres som mentoren til et ungt bandemedlems som senere ble en fremragende offiser.
En marineløytnant dør av blodpest under permisjon. Med agent DiNozzos hjelp forsøker det lokale NCIS-teamet å finne alle seilere som har permisjon for å unngå pestutbrudd og finne kilden.
En buss med marinefanger kolliderer og fire fanger klarer å flykte, blant andre en svartebørsmekler som anses som en av nasjonens største sikkerhetstrusler.
Når en marineoffiser blir funnet død i et hus hvor en kvinneforening holder til, står NCIS-teamet overfor en komplisert etterforskning med en lang liste motiv og mistenkte.
En sersjant som har spesialisert seg på kontraspionasje blir funnet myrdet. Etterforskningen avslører at offerets kone er tatt som gissel og at kidnapperne krever løsepenger for henne.
Det er Halloween og NCIS-teamet etterforsker mordet på en kvinne som jobbet ved militærdomstolen. Hun ble funnet død på en kirkegård i kostyme og med et vampyrlignende sår på halsen.
En marineoffiser med tilgang til topphemmelig materiale blir drept etter at han begynner å jobbe med en ny privat byggherre. Pride mekker på en bil han har gitt til kona.
En underoffiser blir funnet død i et lagerlokale med en forlovelsesring i hånden. Etterforskningen tar en mystisk vending når teamet ikke klarer å lokalisere den angivelige kjæresten.
En marinepistol blir funnet i bagen til en død tyv, og leder politiet til en 38 år gammel uløst sak som har tøff innflytelse på Loretta. Laurel kommer hjem med en thanksgivingoverraskelse.
NCIS-teamet etterforsker mordet på en pensjonert marineoffiser som jobbet med å spore opp folk som utga seg for å være militærpersonell. Den hovedmistenkte blir funnet med en marineoffisers jakke.
NCIS-teamet etterforsker en dødelig eksplosjon ved marinens veldedighetsgalla. De innser snart at Pride var egentlige målet for bombingen.
NCIS-teamet samarbeider med kystvaktens etterforskningsgruppe om et dobbeltmord på en forskningsbåt. En admirals datter blir snart hovedmistenkt.
Teamet kjemper for å løse et mord før det har blitt begått etter at en marineoffiser oppdager at han har blitt forgiftet med en dødelig strålingsdose.
Når en NCIS-agent blir skutt i sammenheng med en sak Brody jobbet med, oppdager teamet at mordet var personlig.
Teamet etterforsker mordet på en kvartermester som blir funnet drept under Mardi Gras-festivalen. Pride lurer på om hva han burde fortelle sin datter om det anspente forholdet han hadde med sin far.
Etter at en marinerekrutt er offer for en dødelig påkjørsel hvor sjåføren stikker av, må teamet undersøke om mordet hadde med hennes karriere å gjøre, eller at hun var fostermor for sine to brødre.
Pride er overbevist om at hans erkefiende Baitfish har vendt tilbake, og i et forsøk på å finne ham undersøker teamet ulike åsteder. De følger spor fra New Orleans til Charleston, S.C.
En sjømann blir funnet myrdet på en strippeklubb og teamet kobler mordvåpenet til to uløste saker. De oppdager snart at navnene på alle tre ofrene finnes på et veggmaleri i en falleferdig del av byen.
Under obduksjonen av en marineoffiser som tros å ha dødd av naturlige årsaker, tar en bevæpnet mann seg inn på likhuset og tar Wade, Sebastian og Danny som gisler.
En marineoffisers bil blir stjålet med babyen til offiseren fremdeles i bilen. Teamet står overfor spørsmålet om det dreier seg om en tilfeldig biltyv eller en planlagt bortføring.
Lasalles bror, Cade, mistenkes for mord og Lasalle er fast bestemt på å bevise hans uskyld på tross av alle bevisene mot ham. Han hjelper derfor ATF agent Percy med å ta en våpenhandler.
Baitfish myrder en person som står NCIS-teamet nære for å sende et tydelig budskap. Det fører til en omfattende jakt for å ta den skyldige.
Pride mistenker at det finnes en muldvarp iblant de NCIS-ansatte. Det lokale politiet forsetter å spore Broussard Syndicate etter at nye beviser antyder lovbrudd i havnene.