Etter å ha ødelagt den forbannede verden og reddet Ninjago, blir ninjaene berømte. Men de bør være forsiktige med hva de ønsker seg, for den onde djinn Nadakhan er sluppet løs.
Ninjaene må finne ut alt de kan om Nadakhan, før han finner verdenskrystallen og redder mannskapet sitt. Men våre helter blir også jaktet på av sin gamle venn, Ronan.
Ninjaene blir falskt anklaget og fengslet, men finner en usannsynlig venn i en gammel fiende. Samtidig redder Nadakhan mannskapet sitt, får et nytt perspektiv på ting og legger en mystisk plan.
Ninjaene er på kollisjonskurs; for å finne kartet som kan stoppe Nadakhan, må de først finne Nadakhan. I mellomtiden, ønsker Jay å endre sin fremtid, men risikerer å endre sin fortid for alltid.
Ninjaene setter kurs mot en farlig øy for å finne det eneste som kan stoppe Nadakhan. I mellomtiden finner Himmelpiratene ut av ninjaene sin plan, og en gammel hemmelighet blir avslørt.
Jay blir holdt fanget og testet, da Azad gjør alt for å få ham til å bruke sitt siste ønske. I mellomtiden forsøker de strandede ninjaene å komme seg vekk fra øya.
Den siste gjenværende ninjaen infiltrerer Himmelpiratene, i et forsøk på å redde Jay og beseire Nadakhan en gang for alle.
De to siste ninjaene blir bevoktet på et trygt sted, men Himmelpiratene oppdager gjemmestedet deres og angriper for å finne personen som kan slippe løs Azads fulle potensiale.
Den siste ninjaen får hjelp av gamle allierte for å forhindre at Nadakhans bryllupsseremoni finner sted.
Mens Nadakhan får et uendelig antall med ønsker, får Jay bare ett.