Da en underofficer findes myrdet, får Gibbs kendskab til den mystiske forbindelse mellem sagen og opløsningen af hans gruppe.
Da DiNozzo efterforsker en flådeløjtnants mystiske selvmord, opdager han, at selvmordet muligvis er en del af noget meget større.
Da senator Patrick Kiley beder om Gibbs hjælp til at opklare mordet på en ung flådeofficer, befinder NCIS-teamet sig pludselig midt i en verden af politik på højeste plan.
Hemmeligheder fra Gibbs fortid afsløres, da NCIS-teamet rejser til hans hjemby for at løse en sag.
Mens NCIS-teamet er på jagt efter en marinesoldats brutale morder, opdager de, at de endnu en gang arbejder mod FBI-agent Fornell.
NCIS-teamet tvinges til at efterforske en forbrydelse, der finder sted under Halloween, hvor en psykotisk morder efterlader spor på nettet om, hvem der er hans næste offer.
Gibbs får sin sag for, når han skal tage sig af en nybegynder, der er sat på holdet af Vance for at efterforske et bankrøveri.
En chokerende hemmelighed kommer frem, da teamet bliver skubbet ind i et krigsspil, og det får alvorlige konsekvenser for en fra teamet.
NCIS-teamet bliver nødt til at anvende information fra upålidelige kilder for at forhindre et røveri af statshemmeligheder.
NCIS-teamet efterforsker en underofficers død i et biluheld og finder ud af, at han førte en voldelig hemmelig tilværelse.
Det er jul, og NCIS-teamet arbejder overtid for at finde en hovedmistænkt, som man havde antaget var død i 17 år.
NCIS-teamet skal afsløre sandheden bag mordet på en fængselsvagt, som resulterede i et oprør blandt de indsatte og i McGees tilfangetagelse.
Da Ducky bliver stukket ned, kommer hemmeligheder fra hans fortid frem i dagens lys.
NCIS-teamet efterforsker det bizarre mord på en kommandørkaptajn, hvis mistænkelige privatliv muligvis er grunden til, at han blev dræbt.
NCIS-teamet etterforsker mordet på en marinesoldat, og Gibbs blir konfrontert med fortiden sin når han finner en beskjed ved åstedet.
En av Tonys gamle saker gjenåpnes, og han bytter rolle med Gibbs for endelig å løse saken.
En agent blir myrdet, og NCIS-teamet drar ut i ørkenen for å finne en kvinne som kanskje vet noe om mordet.
Da en bokser dør, ber Vance NCIS-teamet om å etterforske saken. Samtidig begynner Gibbs å grave i Vances fortid.
Et barn oppdager et mordvåpen, og en hel familie havner under etterforskning. NCIS-teamet må finne ut hvem som brukte våpenet sist, og hvem som ble drept.
Gibbs blir nødt til å se bort fra sine personlige følelser og arbeide sammen med Trent Kort, som kommer tilbake for å oppspore en farlig forbryter.
Abby må overta et topphemmelig oppdrag for regjeringen, etter at deres vitenskapsmann forsvinner. Men det viser seg snart at alt ikke er som det ser ut til ved første øyekast, og de andre blir bekymret for Abbys sikkerhet.
NCIS-teamet drar til Los Angeles for å samarbeide med teamet der om etterforskningen av et mord, som snart utvikler seg til noe mye større. Samtidig begynner Tony å snoke i Zivas privatliv.
Agent Callen arbeider undercover, mens en psykolog avslører sannheten om forholdet mellom Gibbs og agent Macy. Samtidig begynner Tony å tvile på Zivas lojalitet.
En ICE-agent blir myrdet, og NCIS-teamet må samarbeide med FBI og ICE om å oppklare mordet. Samtidig konfronterer Tony Rivkin.
Etter Tonys konfrontasjon med Rivkin flyr NCIS-teamet til Israel, hvor de ikke akkurat får en varm velkomst av Zivas far, lederen av Mossad. Situasjonen blir stadig mer komplisert, og Gibbs må foreta et vanskelig valg.