Mens Pride kjemper for livet på intensivavdelingen, leter teamet etter leiemorderen som prøvde å ta livet av ham.
Spesialagent Hannah Khoury bistår teamet i jakten på en tidligere IRA-terrorist som har blitt smuglet inn i landet.
Da NCIS undersøker drapet på en etterretningsoffiser fra marinen som ble drept under en konferanse, prøver hovedvitnet å innynde seg hos Sebastian. Pride strever i den nye stillingen sin.
Når en offiser blir funnet myrdet under en rekebåt, avdekker etterforskningen en konspirasjon i fiskesamfunnet.
Prides far, Cassius Pride, er opptatt med en NCIS-sak som involverer et beryktet og uløst kasino-innbrudd fra flere år siden. Og Pride møter et familiemedlem som han ikke visste om.
NCIS-teamet avdekker bevis om en mistenkt som høster organer fra flere ofre, etter at Prides assistent, Ginny Young, rømmer fra en kidnapper.
Etter en dødelig bileksplosjon i det franske kvartalet, avhører teamet en professor som er tidligere medlem av en student protest organisasjon.
NCIS-teamet setter en informant i beskyttende varetekt under en drapsetterforskning. I mellomtiden spør Pride broren sin om hjelp.
Etter at en marine-entreprenør blir myrdet på mystisk vis, starter teamet etterforskningen og avdekker bevis for at offeret levde to separate liv i flere tiår.
Pride blir tvunget til å frigjøre en gammel motstander når hans venner blir holdt som gisler.
Pride og teamet ønsker å ta innersvingen på en hemmelig og dødelig gruppe bestående av tidligere etterretningsagenter.
En militærfrue blir kontaktet av sin ekskjæreste, som er ettersøkt av FBI, mens Gregorio er undercover. Han blir derfor med i den sosiale klubben til militærfruene for å spane på forbryteren.
NCIS etterforsker forsvinningen av en maritim entomolog etter en skyteepisode på et forskningslaboratorium. Mens de etterforsker forsvinningen, oppdager de ut at et sjeldent og dødelig virus har blitt stjålet.
Pride og teamet gjenforenes med konspirasjonsjournalisten Oliver Crane etter at kilden til hans siste historie er blitt myrdet. Hannahs tidligere partner, Liam Somers, overrasker henne og deler en sjokkerende åpenbaring i et gammelt sak.
Teamet utreder ett antal mord knutna till ett byggföretag som skapar en kemikalie som stärker havsväggar. Bevis från Hannas senaste uppdrag i Oman används emot henne.
Etter at en terrorist med en personlig vendetta mot Hannah dukker opp igjen, blir hun og hennes familie plassert i beskyttende varetekt mens teamet leter etter den mistenkte.
Etter en omrokkering av oppgaver, er ikke Pride lenger spesialagenten med ansvar for Sør-Øst så han vender tilbake til New Orleans. Her er NCIS-kontoret under etterforskningen da en underoffiser er savnet.
Teamet etterforsker drapet på Pattons venn, en tidligere Navy Seal skutt i en drive-by skyting som Patton ble et hjelpeløst vitne til.
Etter at en marineløytnant fra en velstående New Orleans-familie dør i en fallulykke på en veldedighetsgalla, etterforsker NCIS-teamet om hans død var en ulykke eller ei.
Elvis Bertrands datter blir knyttet til en drapssak som NCIS jobber med, og han ber Pride om å bevise at datteren er uskyldig.
Tammy er overbevist om at en svindler har begått mordet på en militærlege, til tross for at bevisene viser noe annet. Hannahs ektemann kontakter Pride med informasjon om et hemmelig nettverk av spioner.
NCIS etterforsker et dødelig bombeangrep ved en begivenhet på et militærmuseum, hvor mer enn 1000 personer er til stede.
Pride og Lasalle reiser til det krigsherjede Sør-Ossetia i Russland for å finne FBI-agenten Raymond Isler, som ble kidnappet under et mislykket oppdrag for å pågripe lederen av Apollyon.
Etter å ha sporet opp det underjordiske spionnettverket Apollyon, blir Pride adskilt fra teamet og havner i alvorlig fare. For å redde han må NCIS teamet lokalisere muldvarpen som fremdeles forer Apollyon med informasjon.