Det blir en pinlig morgen for alle etter at Sheldons mor og Leonards far tilbragte natten sammen. Pennys familie ankommer for å delta i bryllupseremonien, inkludert hennes angstfylte mor, Susan, og hennes narkodømte bror, Randall.
Howard får besøk av oberst Williams fra luftforsvaret som vil snakke med ham om oppfinnelsen. Penny forteller kollegene at Bernadette er gravid, uvitende om at Bernadette vil holde det hemmelig.
Gutta strever med å ferdigstille forsvarsprosjektet i tide, og Sheldon prøver en energidrikk for å holde seg våken. Penny og Amy drar på geologifest.
Amy har oversvømmelse i leiligheten og foreslår et samboereksperiment for Sheldon. Howard og Bernadette blir opprørt da Raj får vite kjønnet på babyen før dem.
Sheldon truer med å slå opp med Amy når hun nekter å følge baderomsskjemaet hans. Howard og Bernadette finner uventede gjester i huset sitt.
Penny blir overrasket av at hun har fans når hun inviteres til å delta på en lokal Comic-Con for sin rolle i Serial Ape-ist. Samtidig inviterer Amy og Sheldon til deres første brunsj.
Amy må lyve til Sheldon om at leiligheten hennes blir pusset opp, slik at hun kan fortsette å bo hos ham. Dessuten spiller de inn en spesialepisode av "Fun with Flags" i Pennys leilighet.
Etter det vellykkede eksperimentet med å kombinere genene deres, er Sheldon nå fast bestemt på at han og Amy skal formere seg. Raj nøler med å fortelle de andre hva kvinnen han dater jobber med.
Sheldon blir oppslukt av sjalusi da geologen Bert vinner et genistipend ved universitetet, mens Wolowitz finner igjen en hjemmelaget Stephen Hawking-figur.
Leonard og Sheldon krangler om hvem som skal oppbevare deres felles eiendeler. Samtidig spør Stuart om han kan bo med Howard og Bernadette.
Mens Sheldon og Amy feirer Amys bursdag, ønsker Howard og Bernadette sin nye baby velkommen.
Sheldon og Amy besøker Leonard og Penny for første gang siden ferien og forteller om sin forferdelige tur til Texas.
Sheldon opptrer som fredsmekler da Leonard og Penny krangler. Howard og Raj prøver å reparere en knirkende gulvplanke på babyens rom.
Mens Raj får datingråd fra ekskjærestene sine, får Sheldon hjelp til å lese menneskers følelser når han betatester en oppfinnelse som gjenkjenner følelser.
Leonard og Howard prøver å distrahere Sheldon ved å gi ham billetter til en historisk jernbanelinje, mens Penny og Amy tar Bernadette med ut på byen. Raj og Stuart passer babyen.
Amy blir rasende da hun finner ut at Sheldon har delt intime detaljer fra forholdet deres med folk på universitetet, noe som utløser den første krangelen mellom dem etter at de flyttet sammen.
Når Raj ikke lenger får av farens formue, gir han Sheldon kontrollen over økonomien for å få hjelp til å bli kvitt gjeld. Penny vurderer å bli med Leonard på Comic-Con.
Når Raj flytter ut av leiligheten sin, tilbyr Leonard og Penny ham Sheldons gamle rom, noe som fører til konflikter.
Leonard, Penny og Raj begynner å venne seg til sin nye bosituasjon, mens Sheldon fatter interesse for Amys arbeid.
Sheldon presser seg selv til bristepunktet da han på samme dag jobber på prosjekter med Leonard og Howard, i tillegg til Amy. Bernadette nærmer seg slutten på fødselspermisjonen og må vende tilbake på jobb.
Howard og Bernadette sliter med å forlate Hailey i barnehagen når Bernadette må begynne å jobbe igjen. Bert introduserer gjengen for sin nye kjæreste, Rebecca.
Penny vurderer å takke ja til et jobbtilbud fra ekskjæresten Zack, noe som skaper bekymring hos Leonard.
Etter at Leonard, Sheldon og Howard feirer ferdigstillelsen av det topphemmelige forsvarsprosjektet, støter de på en ubehagelig overraskelse.
Gjengen er bekymret da Sheldons tidligere beundrer, Dr. Ramona Nowitzki, dukker opp mens Amy er ved Princeton.