Skoleåret begynner og gruppen er samlet igjen og skal ta biologi sammen. Jeff og biologilæreren kommer ikke overens, noe som leder til problemer i gruppen. Senor Chang bor i ventilasjonssystemet og får en ny stilling hos rektoren.
Annie får en ny rival i form av Annie Kim som matcher henne på intelligens og skoleglød. Annie Kim stjeler Annies plan om å holde en FN-simulering, og paret møtes i en battle royale'.
Studiegruppen jobber med den første store oppgaven i biologi, men klarer ikke bestemme seg for hvem som skal samarbeide med hvem. Chang patruljerer skoleområdet og ser på seg selv som en detektiv.
Troy og Abed bestemmer seg for å flytte sammen og holder fest for resten av gruppen.
Britta leverer ut anonyme personlighetstester til resten av gruppen, og blir redd noen i gruppen er en sosiopat på grunn av resultatene. For å finne ut hvem det er får hun og Jeff resten av gjengen til å fortelle spøkelseshistorier.
Pierce holder en fest for å feire at det går bra med forretningene hans, men faren hans dukker opp og legger en demper på feiringen.
Gjengen prøver å hjelpe Annie å flytte inn med Troy og Abed, men ting går galt når hun blir frustrert av livsstilen deres. Dean Pelton presser Jeff til å tilbringe ettermiddagen med ham.
Dean Pelton regisserer en reklamefilm med studiegruppen og en samling av skolens mest fargerike karakterer i hovedrollene. Samtidig filmer Abed en dokumentar bak kulissene.
Jeff og Shirley knytter bånd over foosball. Etter å ha ødelagt Abeds limited edition Dark Knight-DVD påstår Annie at noen brøt seg inn i leiligheten og stjal den.
Det er jul ved Greendale, og korlederen Radison vil at studiegruppen erstatter teaterklubben. Han overbeviser først Abed, og én etter én blir de med på oppsetningen.
Andre frir til Shirley på nytt. Britta og Annie begynner raskt å planlegge bryllupet. Jeff må skrive en tale og Troy og Abed må prøve å bli normale før bryllupet. Pierce og Shirley prøver å få installert en sandwich-butikk i kafeteriaen.
Britta forsøker å hjelpe Jeff med hans ekstreme narsissisme. I tillegg øver gruppen på å imitere kjendiser for å hjelpe Abed med å nedbetale en gjeld.
En ny Subway åpner i kafeteriaen og Shirley, Pierce og Britta prøver å sabotere den. Vice Dean Laybourne kommer tilbake og Troy og Abed bygger konkurrerende teppefort.
Det som startet som en mindre diskusjon angående tepper og puter blusser opp til full krig på Greendale. Studiegruppen velger sider mens Jeff desperat prøver å skape fred.
Britta spør om hjelp fra studiegruppen for å holde eks-kjæresten sin unna. Vice Dean Laybourne setter sammen et band for å prøve å vinne Troys kjærlighet.
Annie og Abed tilbringer kvalitetstid sammen med en simulering av Inspector Spacetime. Snart blir spillet en undersøkelse av studiegruppen og spesielt Abeds tankegang og personlighet.
Når en gruppes naturfagprosjekt blir ødelagt så bestemmer de seg for å holde en rettsak for å finne den skyldige. Mens Troy og Abed tror de har funnet den skyldige så innser Jeff at det er mye mer til saken enn de først trodde.
En klassekamerat dør plutselig og Britta gir gjengen terapi ut i fra det hun har lært i psykologitimene. Chang prøver å ta over sikkerhetssystemet på skoleområdet.
Når Abed blir overbevist om at Dean Pelton er en svindler må han gå til en terapeut.
Chang får kontroll over Greendales campus og studiegruppen legger en plan for å ta tilbake kontrollen over skolen.
Chang styrer Greendale med jernhånd og feirer det hele med å gå i et Napoleon-kostyme. Studiegruppen infiltrerer campus for å frigi dekanen og velte det sittende styret.
Shirley og Pierce krangler om eierskapet av den nye sandwich-butikken. Troy mistrives på aircondition-skolen, men assisterende dekan Laybourne tror at han er Den utvalgte.