Tre måneder etter at han sluttet i Phoenix Foundation og flyttet til Nigeria, må Mac legge uenighetene med faren til side og vender tilbake når han hører at Jack er målet for en diktator på krigsstien.
Når en av Jack`s tidligere Delta-kompiser er anklaget for terrorisme i et fremmed land, rekrutterer MacGyver og Jack raskt resten av Jacks gamle Delta-lag og gjennomfører et farlig redningsoppdrag.
MacGyver, Riley, Bozer og Leanna går undercover på en college campus for å finne personen som rekrutterer studenter til å gjennomføre dødelige terrorangrep.
MacGyver og Riley, med hjelp av Vasil, en fortvilet far, må finne en måte å kjøre en tankbil fylt med flytende oksygen gjennom en region okkupert av opprørere og levere oksygenet til et barnesykehus før de går tom.
Mac og Jack reiser til Mexico for å finne lederen for et narkokartell.
Murdoc kidnapper kjæresten til Macgyver. Han tvinger Mac til å hjelpe ham å redde sønnen sin.
Matty blir kontaktet av en senator som har blitt presset for penger, og sender teamet til Ghana for å spore opp senatorens harddisk. Den viser seg å inneholde en hemmelig fil med navnet Dragonfly.
MacGyver og teamet hans begir seg ut på et farlig oppdrag, etter at de blir oppsøkt av en irsk militæroffiser som mener han vet hvor The Ghost, en farlig bombemaker, befinner seg.
En ampulle med et dødelig virus forsvinner fra Helsedirektoratet, og Mac, Wilt og Jack blir innkalt for å etterforske saken. Billy tar Riley med på landet, og lover at kjøreturen vil by på en overraskelse. Men så blir bilen deres stjålet.
Undercoveroppdraget til Mattys tidligere ektemann, Ethan, blir avslørt. Matty ber teamet om hjelp til å redde eksmannen, før de kriminelle han oppholder seg sammen med, oppdager hvem han egentlig er og dreper ham.
Mac og Jack drar av gårde til en avslappende helg i Las Vegas. Men miniferien deres blir brått avbrutt når noen fra fortiden deres bortfører dem, og låser dem inne i et sementrom.
Phonix-teamet slår seg sammen med en kvinne som er fotballmamma om dagen men mestertyv om natten, for å få fatt i en kriminell som har hyret henne for å stjele en kjernefysisk bombe.
MacGyver tar Riley og Bozer med på overlevelsestur i villmarken, men turen tar en annen vending når de støter på en voldelig gjeng kriminelle som leter etter en forsvunnet pakke med penger.
En internasjonell kriminell leder tilbyr Matty en avtale hun ikke kan si nei til. Han vil nemlig overgi seg i hennes varetekt hvis han får lov til å returnere til USA og se datteren bli gift.
Phonix-teamet har fått i oppgave å passe en flink narkohund, for så å oppdage at de ikke er alene om å avdekke en våpenhandel.
Etter et flykrasj må Phonix-teamet ta seg av den skadde piloten. Et avansert laser-system, som er utviklet av MacGyver, var installert i flyet.
MacGyver og teamet hans får i oppdrag å løse et mysterium med en låst dør. En mann som jobber i et avsidesliggende, ultrasikkert, internasjonalt hvelv er forsvunnet.
Når Nicholas Helman planlegger et massemord, blir teamet nødt til å spørre om hjelp fra personen som kjenner ham best, nemlig Murlock.
MacGyver og Desi hjelper en gruppe syriske flyktninger som blir utnyttet av menneskesmuglere. I Los Angeles er Bozer fanget i Oversight's bil, som er satt opp til å eksplodere.
To amerikanske turister blir meldt savnet i forbindelse med en skattejakt gjennom noen av verdens farligste land. Phoenix-teamet prøver å finne de forsvunne deltakerne, og bringe dem hjem i live.
Mattys eksmann, Ethan, ber henne om hjelp når en kriminell organisasjon kidnapper hans kone og datter. Matty må bestemme om hun er villig til å begå forræderi for å hjelpe Ethan. Riley blir med Billy og Mama Colton på et oppdrag til paris.
En utspekulert motstander lagde planer til å tvinge Mac til å ta et umulig valg: redde livet til en venn eller redde livet til hundrevis av uskyldige mennesker. Mac får ny informasjon som vil skape problemer mellom ham og faren.