Da MacGyver følger Penny Parker til en herregård hun arvet, finner han et skjelett. Plutselig befinner de seg begge i et 30 år gammelt mysterium.
MacGyver drar til hjembyen sin, der han hjelper sønnen til en barndomsvenn som har havnet i trøbbel med noen lokale narkotikahandlere.
Etter at en amish familie redder MacGyver, hjelper han dem med å hindre gården deres fra å bli tatt av myndighetene.
MacGyver utgir seg for å være en våpenhandler for å infiltrere en gruppe opprørere i Latin-Amerika, der en nonne og en svært skadet mann holdes som gisler.
MacGyver havner bak rattet på en eksperimentell racerbil etter at sjåføren blir skadet i et mystisk krasj under kvalifiseringen.
MacGyver og Pete Thornton er på treningsleir i villmarken, og særlig Pete oppdager at formen slett ikke er hva den en gang var. Lettere blir det ikke da de to gjør en merkelig oppdagelse, og treningen etter hvert blir svært så realistisk.
Massemorderen Eric Cross rømmer fra sinnssykehuset, og MacGyver må få ham bak lås og slå igjen før nye liv går tapt.
Dalton og MacGyver leter etter den biologiske moren til Dalton, som er på rømmen fra myndighetene, en hodejeger og hennes tidligere sjef.
MacGyvers gamle flamme, Penny Parker, får endelig drømmerollen i en rockeopera. Men MacGyver finner fort ut at det ikke er stemmeprakten som gjorde at drømmen gikk i oppfyllelse. På teatret skjer det nemlig mystiske ting.
Phoenixstiftelsen arbeider med et topphemmelig våpen, men prosjektet trues av hyppige lekkasjer. Til MacGyvers store overraskelse peker alle spor mot Pete Thorntons egen sønn.
Sønnen til en ansatt ved Phoenixstiftelsen blir kidnappet av en forbryter, og MacGyver havner i en feide mellom to familier.
MacGyver hjelper et rehabilitert gjengmedlem, som er blitt anklaget for å ha stjålet en bil.
MacGyver finner faren til en rømt og prostituert tenåring, bare for å finne ut at hun også har blitt mishandlet som barn.
MacGyver leder en sovjetisk og amerikansk ekspedisjon til Arktis for å finne russisk gull som gikk tapt i en flyulykke under andre verdenskrig. På ulykkesstedet oppdager han at likene til pilotene og nesten alt gullet er forsvunnet.
MacGyver leder fire ansatte i Phoenix-stiftelsen på fjelltur da en buss med farlige fanger krasjer i samme område.
MacGyvers venn Jack Dalton kommer hjem etter et opphold i Kambala. Alt ser vel ut helt til Dalton begynner å få hallusinasjoner og går fra sømmene.
På vei hjem fra skiferie går MacGyver tom for bensin. På jakt etter en bensinstasjon på de øde vinterveiene blir han og Pete Thornton kidnappet av terrorister.
MacGyver leter etter en gammel venn, en tidligere militær tjenestemann bryter seg inn på et lager og stjeler dødelige bakterier.
MacGyver drar på gullgraving med to venner, men får besøk av en hevngjerrig kvinne som nylig er løslatt fra fengsel som ønsker å drepe MacGyver.