MacGyver sporer opp en gruppe som har tatt loven i egne hender, og terroriserer nabolagets narkotikaring.
MacGyver blir kidnappet og presset til å gjennomføre en plan om å destruere hemmelige dokumenter, etter den avdøde diktatoren Ceausescu.
MacGyver må få tak i et skytevåpen brukt i flere politidrapssaker, i håp om å renvaske sin venn. Han får konkurranse fra en gal anarkist, som også vil ha tak i våpenet.
MacGyvers tenåringsvenn, Lisa, nekter å innse at hun har et alkoholproblem, men trenger MacGyvers hjelp når hun blir anklaget for en rekke innbrudd.
MacGyver gjenforener en jente fra Øst-Tyskland med bestefaren sin i USA, uten å vite at hun jobber for to Stasi-agenter.
Seriemorderen Zito lykkes med å rømme fra rettsalen i sammenheng med en psykiatrisk undersøkelse. MacGyver og Murphy blir dratt inn i en ondsinnet lek da de forsøker å fange ham.
MacGyver og vennene hans leter etter en skatt, gjemt i en gammel stasjonsvogn, etterlatt til MacGyver av bestefaren hans.
MacGyver blir anklaget av kvinnene i hans liv for å ha problemer med å slå seg ned. I en drøm blir han transportert til den ville vesten der han hjelper tre kvinner i nød.
MacGyver går undercover for å etterforske drapet på en immigrantarbeider, og avdekker bruk av ulovlige sprøytemidler på en gård.
MacGyver blir vitne til UFO-aktivitet, når merkelige sirkler oppstår på åkeren. Han bestemmer seg for å undersøke nærmere, og avdekker en mulig svindel.
MacGyver hjelper en tidligere baseballstjerne med stor spillegjeld, som blir presset til å stjele verdifulle gjenstander for å betale ned gjelden sin.
MacGyver blir gjenforent med ungdomskjæresten sin, som nå er gift med en rik mediamogul som sponser en internasjonal ishockey-turnering.
MacGyver risikerer livet sitt da han prøver å stoppe et prosjekt som kan føre til en stor miljøkatastrofe.
MacGyver blir med på en arkeologisk ekspedisjon på leting etter et historisk gravkammer. Men en rekke hendelser setter ekspedisjonen i fare.
En av MAcGyvers tidligere fiender forsøker å legge sitt kriminelle liv bak seg, men hans forrige motorsykkelgjeng prøver alt de kan for å beholde ham.
Det blir personlig for MacGyver, når han etterforsker drapet på en prest som jobbet med å hjelpe de hjemløse.
En av Petes tidligere kjærester ber om hjelp til å avsløre brudd på menneskerettighetene i hjemlandet hennes. Pete avslører en stor hemmelighet, og MacGyver stepper inn for å hjelpe.
MacGyver havner i en ulve-felle mens han jakter på en ulv, og blir hjulpet av to kvinner som driver et pensjonat i ødemarken.
Murdoc vender tilbake til den kriminelle verden, og målet hans er å drepe MacGyver. MacGyver får hjelpe av en mor og en datter til å bekjempe Murdoc.
Et strømselskap vil bygge nær et indianerreservat, men et av stammens medlemmer har en plan for å stoppe dem, med MacGyvers hjelp.
Pete venter på operasjonen sin og føler seg ubrukelig, men MacGyver minner ham på hvor viktig han er. Samtidig prøver de å finne ut hvem det er som har sendt Pete en rekke vage trusler.