Pride må avbryte ferien sin når Hannah blir suspendert for brudd på protokollen, under en felles etterforskning med FBI.
Teamet etterforsker en privat flyulykke etter at en marinepilot sier at hun så et uidentifisert objekt før krasjet. Pride lider av søvnløshet og mareritt etter det som skjedde i fjor.
Pride reiser til New York City etter at nye DNA-bevis blir koblet til en 20 år gammel sak fra hans fortid.
Teamet avdekker at et privat interneringssenter huser udokumenterte innvandrere på vegne av regjeringen. Lasalle og Sebastian reiser til Alabama for å lete etter Lasalles bror.
Max Landry ber kontoret i New Orleans om hjelp når han mistenker at kjæresten hans er en spion. Lasalle står overfor nok en blindvei i hans søk etter brorens sist kjente oppholdssted.
Lasalle hoppas på att hämnas sin brors död genom att spåra en narkotikaring i Alabama som han tror är ansvarig för mordet.
Etter en gasseksplosjon på en kino, oppdager NCIS-teamet at gasselskapet har blitt hacket og at flere eksplosjoner står i fare for å bli utløst.
Sebastian tilkaller NCIS-teamet for å hjelpe til med en potensiell kidnappingssak. Sønnen til en embetsmann som han skulle beskytte har forsvunnet fra et lokalt konsertområde.
Etter at Eddie Barrett ordner et vitne med alibi, er Pride og teamet mer bestemt enn noensinne på å løse saken og hevne drapet på Lasalle.
Pride blir avskåret fra teamet og trenges opp i et hjørne etter at etterforskningen av Eddie Barrett avdekker et ondsinnet plott.
Sebastian går undercover som ny rekrutt, men teamet blir bekymret når de ikke får tak i han.
Teamet må spore opp en mystisk kvinnelig leiemorder som er ansvarlig for flere drap i Athen, Roma og London. Samtidig ber Wades sønn om å være med en polititur for en artikkel han skriver om et tilbud for ungdommer.
Teamet etterforsker drapet på en JAG-kaptein som ble funnet drept av sin egen datter, hun er også den eneste arvingen til hans store eiendom.
Pride er plaget av mareritt om den mystiske mannen i den røde drakten og klarer ikke å sove om natten, så han går igjennom en spesiell behandling for å hjelpe han finne ut av mannens identitet.
Tammy må beskytte Rachel, en forskningsinteressert tenåringsjente, etter at faren blir skutt i hjemmet deres, mens resten av teamet leter etter et motiv.
En mann etterligner Lasalle i et forsøk på frigjøre en ung kvinne fra fengsel, og teamet undersøker både bedrageren såvel som fangen han prøvde å frigjøre. Prides datter kommer på uventet besøk.
Spenningene øker i New Orleans, når en hvit NOPD-offiser skyter en svart Sjøoffiser som han trodde var bevæpnet, midt under en travel gatefest.
Når en sjømann blir funnet død, sporer teamet de mistenkelige handlingene til menneskene i livet hans, før hans død.
Sebastian prøver å stoppe en kidnapping, men ender opp med å bli skadet. NCIS jakter på den borførte kvinnen og kidnapperne. Teamet får et glimt av agent Carters privatliv.
Teamet undersøker dødsfallet til en mikrobiolog, hvis myth buster-hobby resulterte i hans død.