Gibbs jakter på Harper Dearing, og er fast bestemt på å ta ham for bombingen av NCIS-teamets hovedkvarter.
Teamet etterforsker et mystisk dødsfall som involverer en ansatt ved NCIS-teamet som ble funnet fire måneder etter bombeangrepet. Samtidig må personalet gå gjennom en psykoligisk test, noe som får Gibbs til å bekymre seg for Abby.
Ducky bestemmer seg for å gjenåpne en 12 år gammel sak og ber om tillatelse til å grave opp en kommandørkapteins lik. Samtidig etterforsker teamet et dødsfall som kan ha koblinger til Duckys gamle sak.
NCIS-teamet må finne ut hva som er grunnen til en helikopterulykke på stranden og samtidig kjempe for å få tak i den savnede piloten. På andre kanter utfordres Tony og McGee av Ziva.
En underoffiser blir drept i en millionærs Ferrari, og Gibbs navn dukker opp når NCIS-teamet etterforsker saken.
En militærløytnant blir funnet død etter et brutalt overfall og teamet avhører offerets venn, marinekaptein Joe Wescott. Gibbs finner ut at marinekapteinen lider av posttraumatisk stresslidelse.
Gibbs fortsetter arbeidet med kaptein Wescott som prøver å hjelpe NCIS-teamet med å oppspore en terrorist. Thanksgiving nærmer seg og Abby gleder seg til den store NCIS-familiemiddagen.
Teamet etterforsker forsvinningen av en tenåringsjente og Ziva og Abby går sammen om å beskytte hennes venn som var vitne til kidnappingen. Gibbs søker etter informasjon hos en tidligere kilde.
Gibbs slår seg sammen med FBI-agent Fornell i et samarbeid mellom NCIS og FBI etter noen har skutt etter Fornell. Men etterforskningen tar en uventet retning når deres felles ekskjone, Diane Sterling, blir involvert.
Det er jul, og Tony DiNozzo klarer ikke å bestemme seg for om han skal være snill eller slem når hans far kommer på besøk. Samtidig prøver NCIS-teamet å løse en mordsak ved å spore penger og Abby eksploderer av begeistring for alle festlighetene.
Mens teamet etterforsker forbindelsen mellom en død journalist og en underoffiser i marinen overraskes Ziva av et besøk fra sin far, som hun ikke har sett i mer enn to år.
Etter en hendelse som skjer tett på teamet, samles de for å finne svar og kreve rettferdighet, slik at de kan beskytte sine mest sårbare kollegaer.
Teamet etterforsker en marinesoldats bilulykke, noe som vekker barndomsminner for Abby.
Teamet etterforsker en hacker som kan lede dem til en av de 'most wanted' cyberterroristene i verden.
Director Vance kommer over uventet personlig informasjon, noe som får ham til å tvile på alt.
NCIS-teamet er på jakt etter Ducky og Jimmy som forsvant mens de transporterte et lik fra et gjerningssted.
En uidentifisert forbryter skaper stort oppstyr i mediene og får Gibbs barberer til å tvile på sin egen sønns rolle i saken. Han mer derfor Gibbs om hjelp til å utelukke at sønnen er involvert i saken.
Etter en marinesoldat blir hardt skadd i Afghanistan ber hans enke NCIS-teamet om å etterforske omstendighetene rundt hans død. Vance har hatt samtaler med potensielle barnepiker men sliter med å ta et valg.
En voldsom storm bringer NCIS-teamet ombord på USS Borealis, hvor de alle blir betraktet som mistenkte når det blir klart at Moder Jord ikke var den eneste gjerningsmannen.
En soldat vender hjem fra tjeneste og oppdager at hennes mann er vekk og stuen er innsmurt i blod. Hun ber NCIS-teamet om hjelp til å finne mannen sin.
Mens NCIS-teamet etterforsker mordet på en Mossad-offiser i Virginia, drar Tony og Ziva til Berlin for å oppspore hennes fars morder.
For å ta hevn for mordene på Eli David og Jackie Vance søker NCIS-teamet febrilsk etter Bodnar på tross av ordre ovenfra om å droppe saken.
NCIS-teamet blir forhørt av en etterforsker fra Forsvarsdepartementet angående Bodnar-saken.
Gibbs og teamet får jussråd etter etterforskeren fra Forsvarsdepartementet setter deres framtid i byrået i fare.