En måned etter at Vance ble kidnappet, blir Gibbs tildelt rollen som midlertidig sjef, mens teamet gjør alt for å finne Vance.
Etter at en løytnant blir funnet myrdet i sitt eget spa, avhører teamet flere familier i offerets særegne nabolag. Torres må overleve konsekvensene etter en natt på byen med Palmer.
En av NCIS-agentene blir fullstendig betatt etter at teamet har undersøkt en eksplosjon utenfor et hus som tilhører sjøoffiseren Todd Nicholas og hans kone, den berømte realitystjernen Sheba Nicholas.
Gibbs avslappende ferie på hytta blir avbrutt når han mottar en samtale fra NCIS. De trenger hans hjelp gjeldene en sak i nærheten.
Teamet jobber med å frikjenne en marinesoldat som soner en livstidsdom for drap, etter funnet av et 50 år gammelt båndopptak.
Når NCIS ankommer et Halloween-åsted viser det seg at Torres kjenner igjen offeret, som var en tidligere venn av ham fra politihøgskolen.
Verket til en gatekunstner blir stjålet, og NCIS' etterforsking leder til en konspirasjon vedrørende en marinentreprenør og sikkerheten til havpattedyr.
McGee og Bishop reiser til Afghanistan etter at en drapssak i USA blir knyttet til en gruppe soldater som har blitt drept av sine egne.
Når den hovedmistenkte i en uløst og høyt prioritert innbruddsak blir løslatt fra fengselet, fortsetter NCIS sin etterforskning undercover.
NCIS-teamets ferieplaner blir satt på vent da etterforskningen av mordet på en marineveteran fører til oppdagelsen av et nyfødt, papirløst spedbarn.
Forsvarsministeren Wynn Crawford setter en stopper for Gibbs drapsetterforskning, og krever at spesialagentene McGee og Torres skal arresteres.
En gammel venn av Gibbs-familien, korporal John Sydney, ber Gibbs om hjelp med å finne et tapt identifikasjonsarmbånd fra militæret.
En underernært og forvirret jente på ni år blir funnet i et lagerrom, og NCIS mistenker at hun kan være datteren til en Navy rekrutt som forsvant ti år tidligere. Bishop oppdager notater som Ziva Davids gjorde om saken.
Et unikt kodeord som McGee brukte som tenåring, blir knyttet til et drap på en ansatt i forsvarsdepartementet, og han blir tvunget til å besøke sin gamle skole.
Teamet etterforsker en sak hvor en mann har falt overbord og druknet, og Torres blir valgt ut til å være mentor for tre studenter på videregående.
Jimmy blir splittet mellom familie og jobben når hans svigerfar ber ham om å tukle med bevisene i en pågående drapsetterforskning.
Vance blir informert av Pentagon at de har mistet kontakt med en atomubåt. Gibbs og Bishob er ombord på atomubåten for å etterforske et mord.
Torres våkner opp i en fiskebåt, og han vet ikke hvor han er og han husker ikke noen fra de siste tolv timene. Nå må han bare stole på at teamet finner ham.
Teamet forfølger en mistenkt som flyktet fra et marinesykehus etter en skuddveksling. En person relatert til Sloanes fortid er et sentralt vitne i saken.
NCIS-teamet undersøker drapet på en marineoffiser som man antok at ble drept i Pentagon-angrepet 11. september 2001, etter å ha oppdaget menneskelige levninger på en byggeplass. En personlig historie med offeret fører til at Gibbs løser problemet.
Da Kasie legger DNA fra en lukket sak inn i systemet, klarer hun å løse en 30 år gammel drapssak, men et smutthull i loven kan gjøre at den mistenkte får gå fri.
Teamet finner en hemmelig statlig bankkonto som finansierer et landsdekkende selvtekt-nettverk, og må nå finne ut hvem det er som fungerer som dommer og jury.
NCIS-teamet undersøker drapet på en sersjant i marinen som ble dekorert som en krigshelt i sin innsats i utlandet. Gibbs ber Grace Confalone om råd etter at han uventet forlot teamet sitt på åstedet.
Etter at datteren havner på sykehus etter en overdose, ber Fornell Gibbs om å gjøre alt som kreves for å stoppe narkotikalangerne i området hvor datteren ble funnet.