Den fransiskanske munken William og hans novise Adso etterforsker det mystiske og grusomme dødsfallet av en ung munk i et avsidesliggende kloster, men de møter uventet motstand.
Etter nok en tragisk hendelse mistenker Adso og William at det skjules en mørk hemmelighet. Er en seriemorder på ferde? Og hva skjuler seg i det mystiske biblioteket?
En munk forsvinner sporløst, og William forsøker å tyde Venantis' kode samtidig som pavens delegasjon nærmer seg. I tillegg søker Anna hevn for familien sin.
William og Adso forsøker å tyde den andre delen av koden til Venantius, og mens munkene sørger over nok et offer for en ulykke ankommer en hemmelig delegasjon munker klosteret.
Begge delegasjonene har kommet frem til klosteret, og det viktige møtet kan starte. Bernard Gui kan ikke skjule fortiden sin lenger og flykter med hjelp av William og Adso.
Remigio og Anna møtes i hemmelighet på kirkegården, mens Adso oppdager at den rødhårete jenta ble tatt til fange og setter sitt eget liv i fare for å redde henne.
Bernard Gui forlanger at munken han mistenker er drapsmannen skal fengsles, men er det rett person? Rettssaken mot Remigo starter, men han blir forrådt av en venn. Anna klarer å bryte seg inn i klosteret og finner fangene.
Adso ber om Williams hjälp för att rädda flickan från att bli bränd som häxa. Bernardo verkar obekymrad över det faktum att Malachias död inträffade trots att Remigio suttit inlåst.