Teamet har vært borte fra hverandre et par måneder, men innser nå at de dras tilbake mot hverandre. Sammen må de løse problemet med en storm som truer Manhattan.
Teamet stilles overfor Frankensteins monster og Sherlock Holmes' fiende Moriarty, samtidig som Flynn og Baird er uenige om hvordan de skal bekjempe Prospero.
Stone, Cassandra og Ezekiel samarbeider for første gang på flere måneder da de skal bekjempe Hokolonote, en gud som blir sterkere hver gang noen lyver.
Elever forsvinner på Wexler College og når the Librarians ankommer, oppdager de at en student undersøker saken på egenhånd. Samtidig får Cassandra et tilbud som det er vanskelig å takke nei til.
Mens han er på jakt etter noen av bibliotekets forsvunnede gjenstander blir Flynn kidnappet av en mystisk fremmed.
En gammal venn av Baird stiller som borgermesterkandidat i en liten by i New Hampshire, men finner seg snart dratt inn i en skandale da en praktikant plutselig forsvinner.
Teamet etterforsker en rekke bisarre hendelser, som alle peker i retning av den evig unge Dorian Gray.
Teamet blir sendt til et høyteknologisk forskningsanlegg der forskerne har blitt forvandlet til sjelløse monstre av en kraftkilde i laboratoriet.
Teamet har delt seg og lever idelle versjoner av sine liv, men når den mystiske Ariel dukker opp blir de igjen nødt til å samarbeide.
Teamet oppdager at Prosperos fornyede magi forårsaker kaos. For å stoppe ham må Flynn og Baird reise tilbake til 1611, mens resten av teamet kjemper mot Prospero i nåtid.