Emily soner de siste dagene av hennes suspensjon fra FBI og sliter med å avfinne seg med konsekvensene av hennes handlinger. Hun har blitt paranoid, ser trusler overalt og stoler ikke på andre.
I kjølvannet av de livsfarlige hendelsene, kjemper Emily nå en kamp mot klokka for å finne og redde Nick, ved hjelp av hans mystiske informasjonskilde, Kai.
Nick våkner opp på et mørkt og trangt sted, desorientert og bedøvet. Samtidig nekter Emily å tro på at han er død, uten kroppen hans som bevis.
Emilys krav om at FBI skal finne Nick blir møtt med motstand, så hun klekker ut en plan som fører til at hun står ansikt til ansikt med den eneste som kan lede henne på rett vei.
Emily godtar Dawkins krav for å redde Nick, men har samtidig noen ess i ermet. Nicks skyldfølelse og paranoia truer med å overvelde ham, men han klarer til slutt å gi slipp på sine demoner.
Nick fortsetter å bli torturert, men han finner en mulighet til å prøve å unnslippe. Cal og Emily er på vei for å redde ham og kommer nærmere hverandre underveis.
Emily gjør et siste forsøk på å bytte de stjålne filene mot Nick, og krever bevis på at han er i live.
Emily og Nick legger legger en plan for å infiltrere flyktningleiren, og Cal er forkledd som en vakt, i håp om å finne Armstrong.
Nick jobber for å frigjøre flyktningene, og Cal konfronterer til slutt Armstrong. Når Gunnarsen og Crown skal til å arrestere visedirektør Webb, oppdager de noe dødelig.
Emily og Nick blir endelig gjenforent med Flynn i Boston, men trusselen om Elliots biologiske våpen henger fortsatt over dem. Emily tyr til drastiske tiltak og må ta et farlig valg.