Callen og Sam samarbeider med kaptein Harmon Rabb for å hindre ISIS-sympatisører i å angripe amerikanske hangarskip.
Teamet står overfor flere saker over hele verden og deler på seg. Callen og Sam jobber i Tel Aviv mens Kensi samarbeider med en agent fra Justisdepartementet i Los Angeles.
Calle og Sam tar seg av beskyttelsesdetaljene for den pensjonerte admiralen Kilbride, under et oppdag for å lokalisere en savnet marineetterretningsoffiser.
Callen og Sam er ombord USS Allegiance når skipet blir satt i karantene for et mulig ebolautbrudd. Samtidig etterforsker Kensi og Deeks drapet på en offiser som nylig forlot skipet.
Teamet forsøker å finne et stjålet maleri til en verdi av 40 millioner dollar, da det ryktes om at maleriet skal selges på det svarte markedet for å finansiere terrorisme.
En våpenhandler kidnapper Rickys datter i håp om å få fingrene i et farlig våpensystem. Det gjør at teamet motvillig må samarbeide med to kriminelle fra England, Ricky Dorsey og Frankie Bolton.
Teamet undersøker tyveriet av en drone-prototype som fant sted under vann. Callen og Sam treffer forsikringsmegler Katherine Casillas.
Etter at en marineløytnant forsvinner fra åstedet for en bilulykke, oppdager teamet at datamaskinen hans er savnet sammen med konfidensiell informasjon for pensjonerte Navy SEALs.
Callen og Sam reiser til San Francisco for å lete etter Beale, etter at han ble kidnappet under et hemmelig oppdrag for Hetty.
Akhos Laos er en tidligere agent for Black Ops som ble rekruttert og trent av Hetty Lange. Nå har han vendt tilbake for å hevne seg på Hetty.
Teamet etterforsker tyveriet av et datavirus, mens Callen og Sam vurderer sin fremtid i byrået. Kensi og Deeks snakker om å få barn, mens Eric og Nell diskuterer hva Erics undercover-oppdrag vil si for forholdet deres.
CIA-offiser Veronica Stephens ber NCIS-teamet om hjelp når en landbruksingeniør som Hetty ba henne om å ta med til USA forsvinner.
Efter en ökning av dödsfall orsakade av opiater, kopplar NCIS-teamet läkemedlen till finansiering av terroristaktiviteter.