Team Scorpion må jobbe sammen med sin gamle nemesis Mark Collins for å forhindre at hele menneskeheten utslettes. Samtidig vender Walter og Paige seg til det nye forholdet deres.
Team Scorpion fortsetter samarbeidet med sin nemesis Mark Collins for å forhindre en hendelse som kan utslette menneskeheten. Cabe tar en avgjørelse i siste liten som kan komme til å gjøre slutt på karrieren hans.
Når snikskyttere dreper en truet, gravid hjort, gjenskaper Team Scorpion dyrets livmor for å forsøke å redde kalven. Happy og Toby diskuterer fremtiden for familien deres.
En ulykke under et oppdrag fører til at team Scorpion blir eksponert for giftigs gass. Paige konfronterer Happy med at hun stadig henger seg på henne og Walter.
Team Scorpion blir tatt som gisler av en gruppe som prøver seg på virtuell plyndring når de deltar på en teknologimesse.
Team Scorpion tar et oppdrag der de vil bevise at det spøker på Queen Mary, men får sin fylle hyre med å avverge en katastrofe når de oppdager et spøkelsesskip på kollisjonskurs.
Team Scorpion tar opp jakten på et apparat som skal kunne forhindre at avfall etter en atom-meltdown havner i avløpssystemene i Los Angeles.
Team Scorpion drar på en renessansefestival i anledning Sylvesters bursdag, men bli tilkalt når det blir forsøkt begått et ran på en politistasjon i nabolaget.
Team Scorpions nye nabo, Florence, feirer Thanksgiving med gjengen og blir med dem når de får i oppdrag å ta knekken på en flytende øy med søppel.
Team Scorpion gjør sitt beste for å hjelpe en far og datter etter et flykræsj, Paige hjelper også Walter med å takle følelsene sine, ettersom Caleb kanskje må i fengsel.
Mens de venter på dommen som kan sende Abe i fengsel, må teamet prøve å redde en liten hund som sitter fast under bakken.
Det er julaften, og Abe velger å jobbe fremfor å tilbringe dagen med venner og familie. Et uhell fremkaller en alternativ virkelighet uten team Scorpion.
Team Scorpion må samarbeide med flere fra Tobys fortid da de blir innesperret i en smart-bunker som prøver å drepe dem.
Team Scorpion er stengt inne i en dommedagsbunker med kunstig intelligens, og alle står i fare for å bli drept. For å kunne redde livene sine, må teamet samarbeide med Tobys nemesis Quincy Berkstead og kona hans Amy, som er Tobyss eks-forlovede.
Team Scorpion tar på seg oppgaven å forhindre en tsunami å nå et sårbart atomkraftanlegg. Samtidig hjelper Toby i all hemmelighet sin eksforlovede å finne tilbake til sin stjålne identitet.
Det er Valentines-dag, og Team Scorpion må sette de romantiske planene sine til side for å hjelpe en lege og en pilot fanget i et helikopter som har krasjet i en skyskraper.
Geniene i team Scorpion blir til dumskaller når de mentale evnene deres blir svekket under en jobb. Paige må dermed trå til for å forenkle vitenskapen for dem.
Team Scorpion havner ved en tilfeldighet midt i et bankran, og blir tatt til fange. Samtidig får Sylvester stadig sterkere følelser for Florence.
Team Scorpion rykker ut for å fange en alligator, i et forsøk på å stanse et dødelig moskito-båret virus. Page lærer Walter om konseptet "hvite løgner".
Team Scorpion må ta sin høye IQ i bruk for å vinne en softball-kamp, og Walters hemmelige natt på byen setter Toby og Happy i en vanskelig situasjon.
Team Scorpion får i oppdrag å redde en bevisstløs gutt som sitter fast i hjulbrønnen på et fly der de er passasjerer, samtidig som de befinner seg i luften.
Teamet drar til Nordøst-Afrika der de må manøvrere seg rundt i et livsfarlig minefelt for å redde innbyggerne i en liten landsby.