Seks måneder etter forrige oppdrag gjenforenes Section 20 på et rutineoppdrag i Malaysia. Men ting tar en farlig vending når deres nye sjef finner ut at en britisk agent nylig har blitt drept i Kuala Lumpur.
Section 20 inngår en ubekvem allianse med Zarkova i håp om å kunne spore det stjålne kjernevåpenet i Kuala Lumpur. Det oppstår frustrasjon når Amy Leong tar gruppen av det pågående oppdraget etter en falsk alarm.
Sporene etter det stjålne atomvåpenet fører til India, hvor tre forskere har blitt kidnappet. Da en av forskerne klarer å rømme, får Section 20 verdifull informasjon om den mektige hinduen Vartak, som har stor forakt for muslimer.
Mac presser Vartaks korrupte advokat til å gi fra seg en kryptert harddisk som kan føre teamet til det forsvunne atomvåpenet. Motvillig ber de Zarkova om hjelp til å knekke koden og drar deretter til Vartaks hemmelige skjulested.
Etter et bakholdsangrep i Myanmars jungel havner atomvåpenet i hendene på den brutale narkobaronen Zaza. Planen hans er å selge det videre til en jihadist, og Section 20 kjemper mot klokken for å stoppe transaksjonen.
Novin og Zarkova prøver å bearbeide en korrupt politimann, mens Mac og Wyatt søker tilflukt i en landsby. Helvete bryter løs når Section 20 til slutt finner Zaza og en uventet inntrenger på et isolert sted.
Mens Wyatt henter seg inn igjen, innleder Coltrane, Mac og Novin et hemmelig oppdrag i Russland. Katrina stiller spørsmål ved Pavels sanne identitet, og Chetri lykkes i å spore vesken med kjernevåpenet til et kjøpesenter i Jakarta.
Coltrane forsvarer beslutningen om å avvike fra den opprinnelige planen. Wyatt og Novin blir konfrontert med Colonel Aldo og opprørerne. Katrina opplever lojalitetskonflikt, mens Pavel iscenesetter en plan for å styrte den indonesiske regjeringen.
Section 20 prøver å kjøpe avansert programvare for å kortslutte en satellitt med verdifull last. Wyatt tar en midlertidig sikkerhetsjobb hos en dårlig likt arbeidsgiver, men det går ikke lenge før han igjen er i faresonen.
Section 20 drar fra en avsidesliggende bygd på Filippinene til Aserbajdsjan, der Pavel forbereder et fryktelig angrep mot flere vestlige storbyer. Et vanskelig dilemma venter i den endelige kampen for å redde verden.