Den hemmelige agenten Tom Keen blir rekruttert av en hemmelig organisasjon for å bistå med å redde en kidnappet CIA-agent. Under oppdraget oppdager han spor etter en konspirasjon i hans egen familie.
Halcyon-teamet gjør det de kan for å redde Scotties nære familievenn og journalist, da han blir urettmessig anholdt for spionasje i utlandet.
Et flykræsj i Ural-fjella sender Tom og Nez til Russland og en hemmelig operasjon for å infiltrere et mystisk militæranlegg.
Da skruppelløse terrorister rømmer fra et irregulært fengsel på Manhattan, må Tom og teamet sperre av byen og finne dem før noe alvorlig skjer.
Tom og Mr. Solomon jakter på en bandittliga, og må jobbe under dekke på et internasjonal flygning som de tror vil bli kapret. Samtidig oppfordrer Howard Tom til å finne bevis om en konspirasjon, som Scottie står bak.
Halcyon-teamet får i oppgave å finne en rik forretningsmann og familien hans, som har blitt bortført av profesjonelle kidnappere. Tiden løper fra dem, og de må ta vanskelige valg underveis.
Det blir anspent stemning mellom Scottie og Howard, og Tom blir tvunget til å inngå overraskende allianser. Han havner i et kappløp med tiden for å avdekke sannheten om Whitehall.
Scottie og Howard kjemper om kontrollen over Halcyon og den farlige teknologien knyttet til Whitehall. Tom kommer på kant med Mr. Solomon i forbindelse med et skjebnesvangert valg.