Når COVID-19 ankommer St. Bonaventure, sliter hele teamet med å få kontroll på situasjonenl, og teamet behandler en pasient med en sykdom som er ulik noe de har sett før.
Åtte uker inn i COVID-19 kan St. Bonaventure-teamet kun nyte små seire og lider enda et knusende tap.
Flere gode kandidater står i kø for å få praksisplass på St. Bonaventure, og Lim gir Shaun, Claire og Alex jobben som mentor for de mest aktuelle kandidatene.
Morgan og Shauns gravide pasient, som venter tvillinger, har smerter. Dette fører til at legene må ta en beslutning ingen leger ønsker å ta. Shaun ber Lea flytte inn igjen,til tross for at hun har sine betenkeligheter.
Asher sliter med skyldfølelse etter at han ga feil diagnose til sin første pasient, Park og Moran danner en usannsynlig allianse, og en alvorlig ulykke gjør at Glassman og Debbie havner i trøbbel.
Dr. Audrey Lim sliter med å takle de emosjonelle traumene Covid-19 har medført. Claire Browne foreslår en drastisk behandling for å hjelpe en krigsveteran med posttraumatisk stresslidelse, og Shaun nekter å lære opp de nye praktikantene.
Shaun får vite en overraskende hemmelighet om Lea, og St. Bonaventure-teamet behandler to pasienter med kompliserte privatliv.
Shaun forbereder seg på å møte Leas foreldre, og på St. Bonaventure behandler teamet en toppidrettsutøver og hennes trener, som også er hennes far.
Etter feildiagnostisering av en pasient, gjør Claire en foruroligende oppdagelse om visse fremgangsmåter på sykehuset.
Når sykehuset blir rammet av et cyberangrep som kan sette livreddende maskiner ut av drift, er det Lea som får oppgaven med å få systemene til å fungere igjen.
Glassman tenker ut en uvanlig prosedyre for ryggmargen til en ung mann, mens Shaun og Morgan diskuterer hva de skal gjøre når en pasient som ligger i koma blir bevisst igjen.
Når en kjent kirurg kommer til St. Bonaventure for behandling, blir teamets entusiasme raskt overskygget av legens oppførsel. Etter å ha studert saken hans, er det et mønster Dr. Shaun Murphy kjenner igjen. Og Shaun og Lea blir tvunget til å ta en beslutning som vil endre forholdet deres.
Claire blir overrasket når hennes fraværende far plutselig dukker opp på døren. Shaun opplever trøbbel i forholdet til Lea.